Infância
Charles Francis Xavier é o mutante filho de um rico pesquisador nuclear, Dr. Brian Xavier, e sua esposa, Sharon. O Centro de Pesquisa Nuclear onde o Dr. Xavier trabalhou em Alamogordo , Novo México era na verdade uma capa para o estudo de mutações genéticas, secretamente executado pelo Dr. Nathan Milbury (um dos muitos apelidos do Senhor Sinistro). Enquanto ainda estava gestando no ventre de sua mãe, Charles reconheceu sua gêmea como uma presença maligna que ele preventivamente tentou matar com suas habilidades psíquicas nascentes, causando o aborto do feto. Desde muito jovem, Charles era submetido a experimentos de Sinistro, ao lado de Carter Ryking, seu melhor amigo e filho de um dos colegas do Dr. Xavier, Dr. Alexander Ryking.
Quando Charles tinha nove anos, o Dr. Xavier morreu em um acidente em Alamogordo e o projeto foi desativado. Sharon mudou-se para sua mansão ancestral em Westchester depois de se casar com o ex-colega de seu falecido marido, Dr. Kurt Marko, na esperança de manter uma família bem estruturada para Charles. No entanto, o Dr. Marko havia se casado com sua mãe por causa da riqueza dela e devido a ter ciúmes do Dr. Xavier, embora também possa ter sido devido às maquinações do Senhor Sinistro, como uma forma para manter Charles sob sua vigilância através de Marko. Charles enfrentou problemas com sua nova família quando Marko trouxe seu filho adolescente, Cain Marko para viver na mansão, já que Cain constantemente intimidava Charles. Para piorar as coisas, o Dr. Marko abusou violentamente de Sharon; com seus crescentes poderes de telepática, Charles tentou aliviar a dor dela compartilhando-a. No entanto, Charles não conseguiu evitar a ruína de sua mãe, pois ela sucumbiu ao alcoolismo e morreu de coração partido.
Quando Cain tentou extorquir dinheiro do Dr. Marko acusando-o de assassinar o Dr. Xavier, uma luta irrompeu entre pai e filho, fazendo com que alguns dos equipamentos do laboratório do Dr. Marko explodissem. O Dr. Marko foi mortalmente ferido, mas conseguiu arrastar as duas crianças para um local seguro antes de morrer, implorando perdão por não ter salvado o Dr. Xavier quando teve a chance e dizendo a Charles para manter seus poderes em segredo de Caim. A partir de então, os órfãos Xavier e Marko viveram como inimigos sob o mesmo teto que Xavier percebeu o potencial de seus poderes mutantes. Devido à sua telepatia (que lhe custou o cabelo), Xavier se destacou na maioria das atividades que exerceu, fazendo com que o ciúme de Marko se agravasse a ponto de provocar Xavier a se ferir gravemente em um acidente de carro, fazendo-o se separar de seu meio-irmão. Um aluno brilhante, ao longo de sua carreira educacional, Xavier frequentou o Colégio Bardo no início da adolescência, graduando-se quando tinha dezesseis anos.
Moira
Com a intenção de realizar estudos de pós-graduação, Xavier ganhou uma bolsa de estudos na Universidade de Oxford da Inglaterra, para obter seu Ph.D.s em Genética e Biofísica. Aventurando-se sobre as consequências das mutações genéticas na sociedade, Xavier idealizou a coexistência pacífica entre as duas espécies, mutantes e humanos, no mesmo ambiente. Durante uma feira em Oxford, ele foi abordado por Moira, que questionou seu sonho maravilhoso para o futuro dos mutantes. Quando Xavier estabeleceu contato telepático a seu pedido, ela revelou sua condição de mutante que viveu várias vidas. Completamente esmagado pela experiência, Xavier ficou pasmo com a revelação de que os mutantes sempre perderiam. Em seu décimo e último ciclo de vida, Moira declarou que eles deveriam quebrar todas as regras e unir os mutantes enquanto Xavier tinha que acordar.
Em Moira, Xavier encontrou um colega acadêmico com quem poderia discutir abertamente suas idéias e planos. Xavier foi colocado em contato com seu conselheiro, um geneticista revolucionário de Oxford, sem saber sua verdadeira identidade como Senhor Sinistro. Além disso, Moira estava romanticamente envolvida com lança corporal Joe MacTaggert, porém, depois que Xavier resgatou Moira dos destroços de um acidente de carro causado por MacTaggert, os dois gênios se apaixonaram.
Por volta desse período, Xavier foi confrontado no campus por dois mutantes chamados Logan e Victor Creed que, ao saber que o governo dos EUA estava aprisionando mutantes ativamente, estavam tentando unir mutantes em um grupo comum. Xavier derrotou Logan e Creed. Em algum momento de sua vida, Xavier também trabalhou ao lado de Karl Lykos, um colega estudioso que também estava interessado em mutação.
Depois de experimentar o período mais feliz de sua vida por estar noivo de Moira, Xavier foi convocado, sendo enviado para a Coréia. Na Guerra da Coréia, Xavier e Marko serviu na mesma unidade. Tentando trazer de volta o deserto de Marko, Xavier testemunhou Marko descobrindo uma mística rubi no Templo de Cyttorak que o transformou no imparável Juggernaut. Nesse momento, o alto bombardeio inimigo causou um desmoronamento e Marko foi enterrado sob vários milhares de toneladas de rocha. Xavier também serviu ao lado de Carmen Pryde, em missões de busca e resgate, onde ganhou o apelido de “Bom Pastor”. Xavier sobreviveu e, enquanto se recuperava dos ferimentos do campo de batalha, recebeu uma carta de Moira anunciando o fim do noivado.
Encontrando suas sombras
Após seu noivado fracassado, Xavier viajou para o exterior, vagando pelo Mediterrâneo, eventualmente se estabelecendo na ilha de Kirinos, onde se viu ajudando as pessoas, uma experiência terapêutica para ele. De Kirinos, Xavier segue para Cairo, Egito, onde no principal bazar da cidade, ele foi roubado por uma jovem ladra Ao tentar estabelecer contato com ela, Xavier foi esmagado por um poderoso ataque psíquico, levando-o a um salão próximo. Lá, ele conheceu e lutou com Amahl Farouk, o hospedeiro do Rei das Sombras, o primeiro mutante maligno que ele conheceu. Depois de derrotar seu inimigo, Xavier percebeu como os poderes mutantes mortais podem estar nas mãos erradas. Isso fez com que Xavier encontrasse o trabalho de sua vida ao decidir reunir a humanidade e seus filhos mutantes em paz e harmonia, com o objetivo de proteger a humanidade de mutantes do mal e mutantes inocentes da opressão humana, acreditando que ambos poderiam coexistir pacificamente.
Em seguida, Xavier foi para a cidade portuária de Haifa, Israel, para se encontrar com um velho amigo seu, o chefe de uma clínica para vítimas traumatizadas do Holocausto, psiquiatra Daniel Shomron. Um dos piores casos de Shomron foi o catatônico Gabrielle Haller, por quem Xavier acordou secretamente usando sua telepatia e, eventualmente, se apaixonou. Ajudando na clínica, Xavier também se tornou amigo de um homem conhecido como Magnus, um voluntário sobrevivente de Auschwitz. Ao longo das semanas que se seguiram, Xavier e Magnus mantiveram debates levantando a hipótese do que aconteceria se a humanidade fosse confrontada com uma nova raça de humanos superpoderosos, sem saber se Magnus era um mutante. Enquanto Xavier estava otimista, as experiências de Magnus no Holocausto o levaram a acreditar que a humanidade acabaria por oprimir a nova raça de humanos, como fizeram com outras minorias. Os dois amigos finalmente revelaram seus poderes um ao outro quando lutaram contra o Barão von Strucker nazista e seus agentes Hidra, que sequestraram Gabrielle já que ela sabia a localização de seu esconderijo secreto de ouro. Magnus tentou matar von Strucker, mas Xavier o impediu. Percebendo que as visões dele e de Xavier sobre as relações entre humanos e mutantes eram incompatíveis, Magnus saiu com o ouro. Xavier ficou em Israel por algum tempo antes que ele e Haller se separassem em bons termos.
Paralisado
Durante sua jornada, Xavier ficou fascinado por uma cidade murada misteriosamente inexplorada no Himalaia, que ele conseguiu infiltrar com seus poderes mentais. Lá, ele encontrou um alienígena chamado Lúcifer, o batedor avançado para uma invasão. Xavier frustrou seus planos ao incitar uma rebelião. Em retaliação, Lúcifer deixou cair um enorme bloco de pedra em Xavier, danificando suas pernas. Xavier foi encontrado e libertado por uma jovem rebelde mutante que tinha ouvido seus gritos telepáticos por ajuda. Xavier foi levado para Bombaim, Índia. Infelizmente, a rocha danificou permanentemente suas pernas, tornando-as inutilizáveis. Durante sua recuperação, quando caiu em uma depressão profunda após perder o uso das pernas, ele foi tratado por Amelia Voght, uma jovem enfermeira americana, que começou a animá-lo como animal de estimação projeto, em que os dois se apaixonaram. Enquanto viviam em um apartamento juntos em Bombaim, Amelia encontrou as anotações de Xavier sobre um dispositivo, chamado Cérebro, que pode detectar mutantes. Amelia confrontou Xavier, acreditando que ele a abordou como um experimento, já que ela era secretamente uma mutante com poderes de teletransporte. Percebendo que ele também era um mutante enquanto falava com ela telepaticamente, o casal ficou muito próximo e Xavier continuou seus planos com Amelia ao seu lado.
De volta à América, o Professor Xavier se colocou em contato com diferentes mutantes. Uma de suas pupilas era a jovem Jean Gray, que estava sob sua supervisão depois que seus poderes foram traumicamente despertados quando ela telepaticamente experimentou as emoções de uma moribunda amiga. Ele também treinou secretamente a jovem que o resgatou no Himalaia como uma espiã, forjando uma identidade para ela como “Tessa”, para que ela trabalhasse como secretário de Sebastian Shaw, um rico industrial mutante. Xavier também ajudou um jovem mutante chamado Jamie Madrox, mantendo contato com seus pais e fornecendo-lhes recursos para ajudar Madrox a manter suas habilidades mutantes sob controle.
X-Men
O Professor Xavier mais tarde se encontrou com Fred Duncan, um agente do FBI investigando o número crescente de mutantes. O professor Xavier contou a Duncan sobre seu plano para localizar jovens mutantes e matriculá-los em sua “Escola para Jovens Superdotados”, usando sua mansão ancestral como base para treiná-los para usar seus poderes, bem como proporcionar-lhes educação convencional, para o benefício da humanidade. A base incluía laboratórios médicos subterrâneos, uma instalação de treinamento chamada “Sala de Perigo”, um hangar de aeronaves com um Estratojato e o dispositivo de detecção de mutantes do Professor Xavier, de codinome “Cérebro”. Amelia ficou com o professor Xavier, em parte porque o amava, mas também para convencê-lo a desistir de sua ideia absurda. No aniversário de sua libertação do Campo de Extermínio de Vernichtungslager, o Professor Xavier e Amelia se encontraram com Erik, agora chamando a si mesmo de Magneto e usando um traje e um capacete projetados para proteger da telepatia, em Auschwitz, Polônia. O professor Xavier implorou a Magneto que as ações que ele colocaria em ação não eram diferentes do que os nazistas fizeram com ele anos antes. Depois que os dois homens lembraram um ao outro que eles tinham o poder de destruir um ao outro, Magneto saiu, com o Professor Xavier esperando que ele visse o erro de seus caminhos.
Amelia deixou o Professor Xavier enquanto Scott Summers se mudava para a mansão, acreditando que a melhor solução para o “problema dos mutantes” era que os mutantes ficassem quietos. O Professor Xavier tentou forçá-la a ficar com seus poderes mentais, mas, imediatamente envergonhado por isso, a deixou ir. Nos meses seguintes, o Professor Xavier montou sua equipe original de X-Men: Scott, que assumiu o nome de Ciclope, Homem de Gelo, Anjo, Fera, e Jean, que assumiu o nome de Garota Marvel. Na Escola Xavier, o Professor X testou seus X-Men na Sala de Perigo, uma instalação que continha máquinas de treinamento.
Depois de meses de preparação, Magneto fez seu ataque contra a humanidade, assumindo o controle de uma base militar em Cape Citadel e desejando usar seus mísseis para causar destruição. Ele foi inesperadamente confrontado pelos X-Men e escapou antes de ser derrotado. As conexões de Xavier com Duncan colocaram os X-Men contra seu próximo inimigo, o ladrão teletransportador Vanisher, que foi derrotado com os poderes mentais do Professor X. O Professor X e os X-Men continuaram monitorando e interagindo com outros supostos mutantes malignos, como os Blob, e o próprio grupo do Magneto, a Irmandade – quando Xavier fingiu ter perdido seus poderes mentais após um acidente para levar os X-Men ao limite. Os X-Men e a Irmandade se enfrentaram novamente, quando ambos o Professor Xavier e Magneto tentou sem sucesso recrutar Príncipe Namor de Atlântida.
O Professor X teve que lidar com uma ameaça por conta própria, Lúcifer, e deixou os X-Men sob a liderança do Ciclope. Enquanto Xavier localizava a caverna oculta de Lúcifer na Europa, ele comunicou seus X-Men. Enquanto os X-Men viajavam para ajudá-lo, eles foram seguidos pelos Vingadores, que concordaram em deixar os X-Men terem uma chance de provar seu poder contra o vilão. Com o diabólico Lúcifer derrotado, Xavier voltou para seus X-Men e guiou a equipe na investigação da misteriosa Terra Selvagem e confrontando o maligno Stranger. Um fantasma do passado de Xavier voltou inesperadamente quando seu meio-irmão, Cain Marko, após anos de existência Preso nas ruínas do templo coreano onde Xavier o vira pela última vez, atacou a Escola Xavier como o Fanático imparável. Imune à telepatia de Xavier devido ao seu capacete, Fanático foi atacado pelos X-Men e o Tocha Humana, que conseguiu remover o capacete, permitindo que Xavier o nocauteou e o prendeu.
Uma nova ameaça emergiu para a espécie mutante na forma do ativista anti-mutante, Bolivar Trask. Xavier propôs um debate contra Trask a ser transmitido na TV como uma forma de contra-atacar suas tentativas de elevar a histeria anti-mutante. Durante o debate, Xavier foi apresentado aos Sentinelas, robôs criados por Trask para defender a humanidade contra mutantes. No entanto, os Sentinelas se rebelaram contra as ordens de Trask e o capturaram. Xavier liderou seus X-Men para resgatar Trask e eliminar a máquina criadora de Sentinelas, o Molde Mestre. Xavier trabalhou com a polícia para destruir a base do Sentinel, e com as ações dos X-Men e o sacrifício de Trask, a ameaça acabou por enquanto.
Depois de treiná-los por vários anos, o Professor Xavier passou para a clandestinidade de todos os seus alunos originais, exceto Jean, para se preparar para a invasão do alienígena Z’nox e fez com que o vilão reformado e moribundo, Morfo, posar como ele após dar a ele uma parte de seu poder telepático. Os X-Men se desfizeram depois que Morfo foi morto pelo Grotesko e o Professor Xavier deixou todos os seus pertences para Scott. O Professor Xavier voltou com Destrutor e Lorna Dane para impedir a invasão dos Z’Nox. O Prof. Xavier investigou cada mente humana no planeta e foi deixado em um estado enfraquecido, mas foi revivido usando um dispositivo criado por Bruce Banner.
Segunda e terceira equipe de X-Men
Anos mais tarde, quando a maioria de seus alunos originais foram capturados pela ilha mutante Krakoa, o Professor Xavier enviou outra equipe composta pelos alunos da Dra. MacTaggert, Kid Vulcano (que era o irmão desconhecido do Ciclope), Petra, Darwin e Reprise, todos os quais ele deu uma rápida experiência de combate mental, para resgatá-los. O Professor Xavier também abordou Emma, para ser a telepata da equipe, mas ela recusou e o Professor apagou o evento de sua memória. Depois que a equipe libertou Ciclope e Kid Vulcano revelaram sua conexão, a equipe inteira foi aparentemente morta. Ciclope escapou, mas, quando ele voltou para o Professor Xavier, o Professor apagou o conhecimento traumatizante de que seu irmão recém-encontrado havia morrido salvando-o das memórias de Ciclope. O professor Xavier montou outra equipe de X-Men, incluindo Banshee (antigo Fator Três operativo), Colossus, Noturno, Tempestade, Solaris, Pássaro Trovejante , e Wolverine para resgatar os outros em Krakoa, nunca revelando nada sobre os alunos da Dra. MacTaggert. A missão foi bem-sucedida e a equipe ficou junta, exceto Sunfire.
Sua próxima missão era parar Conde Nefária e seus Homens-Animais, durante o qual Pássaro Trovejante foi morto tentando impedir a fuga do Conde Nefária. A equipe continuou a batalha contra Kierrok e o Professor Xavier foi capturado por Steven Lang do Sentinelas e levado para sua estação espacial, até que seus X-Men fossem resgatar ele. Depois, o Professor Xavier ficou com uma fraca Jean no hospital, depois que ela pilotou o ônibus espacial de volta para Terra e se declarou a Fênix. Neste momento, o Professor X de alguma forma também adquiriu um Pássaro Negro RS-150 da S.H.I.E.L.D., como o novo transporte dos X-Men. Lilandra Neramani, princesa da raça alienígena Shi’ar e a mulher com quem ele compartilhava um intenso vínculo psíquico através da vasta distância que separava seus dois planetas, veio à Terra para implorar o Prof. Xavier por sua ajuda contra seu irmão louco e tirânico, D’Ken Neramani, e ele, instantaneamente, ajudou-a posicionando seus X-Men. Eles então viajaram para o mundo natal do M’kraan Crystal para lutar contra a Guarda Imperial Shi’ar.
Depois de batalhar brevemente contra o Arma Alfa, e, mais tarde, o Guerreiro Gavião, A Fênix voltou da Terra Selvagem para dizer ao Professor X que todos os X-Men estavam mortos. Prof. Xavier fechou a escola e viajou com Lilandra para seu reino, onde ela foi coroada imperatriz. O Prof. Xavier sonhava com ela e Lilandra sabia que eram almas gêmeas. Eles se apaixonaram e, por um tempo, o Professor Xavier viveu em Chandilar, o mundo do trono Shi’ar, como consorte de Lilandra.
O Prof. Xavier voltou à Terra e retomou sua posição na escola. O Professor X então localizou Kitty Pryde com o Cérebro. O professor Xavier e três dos X-Men (Colossus, Tempestade e Wolverine) partiram para Deerfield, Illinois para contatá-la e possivelmente recrutá-la como membro dos X-Men. Sem o conhecimento do Prof. Xavier, o mercenário Guerreiro Gavião plantou um dispositivo que permitia que seus empregadores no Círculo Interno do Clube do Inferno monitorassem as atividades do Cérebro. O Círculo Interno, portanto, também aprendeu sobre Kitty, e uma de suas líderes, Emma, agora a Rainha Branca, também entrou em contato com ela. Os X-Men então foram para batalha contra o Clube do Inferno enquanto tenta recrutar Cristal. Ao tentar entender os motivos do Clube do Inferno, Angel preparou um convite para uma festa do Clube do Inferno, onde a Fênix caiu sob o controle de Mestre Mental e do Clube do Inferno e se transformou na Rainha Negra. Depois que os X-Men lutaram contra o Círculo Interno do Clube do Inferno, a Fênix passou por outra transformação na Fênix Negra e disparou pelo universo, onde devorou uma estrela inteira e os cinco bilhões de habitantes de um de seus planetas. Quando Phoenix retornou à Terra, ela ameaçou matar todos, mas o Professor X foi capaz para manter o Phoenix und seu controle e ajudou-a a voltar ao normal. Os X-Men foram então teletransportados pelos Shi’ar. O Império Shi’ar testemunhou a Fênix Negra consumindo a estrela, então o Professor Xavier não teve outra escolha a não ser desafiar os Guarda Imperial Shi’ar para um duelo sobre o destino da Fênix. A batalha desencadeou sua transformação na Fênix Negra mais uma vez e ela entendeu que nunca seria capaz de controlar totalmente a fome negra dentro de si e se sacrificou na Lua. Jean Gray foi considerado morta.
Em algum ponto, Xavier e Moira visitaram Magneto na Ilha M. Xavier compartilhou as memórias de Moira de suas vidas anteriores com Magneto, revelando a ele que os mutantes estavam fadados ao fracasso. Apesar de sua desconfiança inicial, Magneto concordou com a proposta de Xavier e Moira e se juntou a eles em seu plano de longo prazo para a sobrevivência da raça mutante. Sem o conhecimento de Moira, tanto Xavier quanto Magneto então viajou para Bar Sinistro para se encontrar com Senhor Sinistro, pedindo sua ajuda com relação à coleção genética de DNA mutante que ele adquiriu ao longo dos anos. O Senhor Sinistro não estava interessado no negócio, mas foi repentinamente morto por outro Sinistro que foi seduzido pela proposta, já que ele próprio possuía um Gene X (do Pássaro Trovejante) funcional. Sinistro concordou com o acordo, mas acabou tendo suas memórias do encontro reprimidas para que ele fosse enviado em seu curso sem saber do envolvimento de Xavier e Magneto até o dia que eles lhe disseram para se lembrar.
A equipe continuou a batalha contra as Sentinelas e durante um cupê, encontrou pela primeira vez os alienígenas Ninhada e lutou contra Rapina e Almirante Samedar para restaurar Lilandra ao trono de Shi’ar, onde o Prof. Xavier foi enviado em coma. Sem que ninguém soubesse, o Professor X tinha recebido um óvulo da Rainha da Ninhada na época. O Professor X acordou do coma descobrir que seus X-Men e Lilandra o deixaram. Nessa época, o Professor X ajudou o Homem-Aranha na batalha contra Mentallo e foi incapaz de reconstruir o Anthony Power, filho de Matthew, mente em coma. O professor Xavier foi capaz de ajudar o Dr. Lykos, que estava preso como Sauron. O Professor X descobriu que o Dr. Lykos foi infectado com um vírus genético que o transformou e isolou o elemento alienígena em sua matriz de DNA, que o curou.
Illuminati
Logo após a Guerra Kree-Skrull, Tony Stark convocou uma reunião de algumas das figuras sobre-humanas mais influentes do mundo; ele mesmo, Pantera Negra, Príncipe Namor, Doutor Estranho, Reed Richards, Raio Negro e Xavier. Stark sentiu que a guerra Kree-Skrull havia mostrado a importância de unir as diferentes comunidades sobre-humanas da Terra, a fim de defender a Terra. O grupo discutiu a melhor forma de fazer isso e, eventualmente, estabeleceu um conselho secreto, onde eles se reuniriam para discutir ameaças potenciais e a melhor forma de enfrentá-las. Pantera Negra recusou o convite, acreditando que eles estavam errados em tomar o destino da Terra em suas próprias mãos, mas concordaram em manter seu segredo.
Ao longo dos anos, Xavier e os Illuminati lidaram secretamente com muitas crises. Embora fossem fundamentais para evitar catástrofes, suas ações também colocariam o mundo em perigo em muitas ocasiões.
Os Novos Mutantes
Após uma ligação de Reed Richards sobre um jovem mutante poderoso cujos poderes estavam fora de controle e com o incentivo da Dra. MacTaggert, o Prof. Xavier levou Xi’an Coy Manh para sua mansão e a Dra. MacTaggert também trouxe sua filha adotiva, Rahne Sinclair. Donald Pierce estava determinado a matar o Prof. Xavier, bem como outros mutantes sobre-humanos e tinha o avô de Danielle Moonstar, Águia Negra, assassinada. O Prof. Xavier e as meninas ajudaram Moonstar. Depois que Dani se juntou aos outros resgatados, Roberto Da Costa e Samuel Guthrie. Após serem capturados por Pierce, os jovens resgataram o Professor X e ele decidiu assumir uma nova classe de alunos mutantes que ele apropriadamente chamou de Novos Mutantes.
O professor Xavier também empregou uma pequena equipe para ajudar na criação dos alunos, começando com a humana Stevie Hunter, e Xi’an, como a secretária da escola. Professor Xavier inicialmente reuniu a equipe para usar como embriões, uma vez que uma Rainha Ninhada o estava influenciando ligeiramente. Depois de prender Psique misteriosamente na Sala do Perigo, a Professora X usou seus poderes para atacar os Novos Mutantes.
Os X-Men voltaram do espaço com o conhecimento de que o Professor X havia sido infectado com um embrião e a Rainha Ninhada se revelou ao transformá-lo. A mente do Professor Xavier afirmou o tempo suficiente para pedir a Ciclope para matá-lo, mas Ciclope recusou. A Dra. MacTaggert e os aliados viajantes espaciais dos X-Men, os Piratas Siderais, salvaram o Prof. Xavier transferindo sua mente para um corpo recém-clonado, um pouco mais jovem, no qual suas pernas funcionavam. A experiência fez o Professor Xavier se sentir como um “homem inteiro”, mas suas pernas tinham problemas para funcionar.
Depois que o Professor X teve um debate na televisão, com Reverendo William Stryker, ele, Scott e Ororo foram sequestrados pelos Purificadores. Enquanto estava em cativeiro, o Professor X foi fisgado por uma máquina operada pelo Dr. Phillip Ramsey, tentando transformá-lo contra mutantes com ilusões de X-Men matando-o e o Reverendo Stryker salvando-o . Depois que o Professor X sofreu uma lavagem cerebral, ele disparou raios mentais em Scott e Ororo, aparentemente matando-os. Stryker o levou para o Madison Square Garden, onde ele foi conectado a uma máquina que, usando sua inteligência, mataria todos os mutantes vivos. Magneto, com seu capacete protegido por psi, foi capaz de distrair o Professor o suficiente para que os X-Men destruíssem a máquina. Mais tarde, na mansão, o Professor admitiu que Magneto estava certo e começou a aceitar sua oferta para se juntar a Scott até que Scott o parou e declarou que ele acreditava no sonho do Professor e iria vê-lo se tornar realidade. O Professor X recusou sua oferta e Magneto saiu, chamando-os de idiotas.
No retorno dos X-Men, o Professor Xavier, inicialmente, rebaixou Kitty Pryde (Ninfa) para os Novos Mutantes, um ato que a enfureceu, até que Kitty o impressionou ao derrotar dois Sidri, com a ajuda do Lockheed. Enquanto participavam de uma feira, os Novos Mutantes foram atacados por Víbora e pela Samurai de Prata e Psiquê foi sequestrada. O Professor Xavier decidiu ajudar a Equipe América e os Novos Mutantes partiram sem sua permissão para salvar Dani. Xi’an foi perdido para os Novos Mutantes em uma explosão. Sentindo o Rei das Sombras no desaparecimento de Xi’an, o Professor Xavier ordenou que os Novos Mutantes tirassem férias.
A mutante terrorista Vampira veio ao Professor Xavierpedindo ajuda para controlar seus poderes, o que a fez absorver a personalidade de Carol Danvers. O Professor Xavier a aceitou em sua escola e nos X-Men, mesmo depois de todos os X-Men e Danvers declararem que desistiriam se ela fosse admitida, e a equipe relutantemente concordou. O professor Xavier e Lilandra continuamente tentavam entender por que ele sentia uma dor intensa toda vez que tentava andar e ela afirmou que logo teria que partir para impedir que sua irmã começasse uma guerra em seu reino. Depois de lutar contra o Mestre Mental novamente, o Professor Xavier hospedou o primeiro casamento do Ciclope com Madelyne Pryor em sua mansão.
O Professor Xavier, mais tarde, se despediu de seu amor, Lilandra, quando ela voltou ao espaço Shi’ar com os Starjammers. Os X-Men lutaram contra a Irmandade, enquanto Mística tentava “resgatar” Vampira dos X-Men, pensando que Xavier a forçou a deixar a Irmandade, apenas para que Vampira lhe dissesse que ela se juntou por sua própria vontade. O Professor Xavier chocou a todos com o uso completo de suas pernas.
O Professor Xavier manteve seu princípio de nunca rejeitar uma alma perturbada e, após resgatar Rachel Summers de Selene, o Professor X a examinou e deu as boas-vindas ela para sua escola e os X-Men. Depois que os Novos Mutantes lutaram contra um Urso Místico, o Professor X convidou Sharon Friedlander e Tom Corsi, mais dois humanos, para trabalhar em sua escola. Depois de retornar para uma casa em ruínas, o Professor X permitiu que Warlock se juntasse aos Novos Mutantes.
Nesta época, o Professor X assumiu um cargo de professor visitante em genética na Universidade Columbia, onde foi espancado por um grupo anti-mutante de estudantes motivado por crimes de ódio, e o Professor X foi ligeiramente curado pelo Morlock Curador. O Professor X e os X-Men lutaram em seguida com Pássaro Trovejante, irmão do Pássaro Trovejante original e culpando o Prof. Xavier pela morte de seu irmão, e os Satânicos para resgatar Banshee. O Professor X, eventualmente, convenceu Pássaro Trovejante de que seu irmão morreu como um herói e ele os libertou, afirmando que o Professor Xavier era um homem honrado. Para resgatar Banshee, os X-Men tiveram que se infiltrar no NORAD (Comando de Defesa Aeroespacial da América do Norte), e os X-Men foram oficialmente banidos. Após repetidos assaltos, publicamente anunciando que ela era uma mutante, Cristal voltou ao Professor X e pediu treinamento na Sala de Perigo. Após seu treinamento, o Professor X forneceu a ela um novo uniforme que ampliou e deu precisão aos seus poderes.
O Professor X se encontrou com sua ex-amante, Gabrielle, na Ilha Muir e descobriu que ele era o pai de seu filho adolescente. O menino autista, David Haller, sofria de distúrbio de personalidade múltipla e tinha vastos poderes psiônicos além de seu pai. Depois de ajudar ele e os Novos Mutantes a escaparem da mente de David, o Professor Xavier prometeu que sempre estaria lá para ele.
Piratas Siderais
Sentindo o retorno do Beyonder, Magneto mais uma vez juntou forças com os X-Men. Desta vez, devido ao estado enfraquecido do Prof. Xavier por ter sido atacado por um grupo de inimigos mutantes, o Professor pediu a Magneto para se juntar temporariamente à equipe. Depois de interromper um esquema de Loki, Magneto foi a julgamento na Corte Mundial e foi atacado por Fenris, Andreas e Andrea von Strucker, filhos do Barão von Strucker. O Professor Xavier sofreu ferimentos físicos e tensões psíquicas que o deixaram à beira da morte e pediu a Magneto para se tornar seu sucessor como diretor da Escola Xavier para Jovens Superdotados e como mentor dos Novos Mutantes. Lilandra e os Piratas Siderais retornaram e levaram o Professor Xavier para o espaço sideral, onde usaram a tecnologia Shi’ar para restaurá-lo à saúde, mas devido aos danos sofridos por sua nave, não foram capazes de devolvê-lo.
Enquanto fugia do Shi’ar, o Professor Xavier se reuniu com Illyana. Illyana foi atacada pelo Magus, perdeu seus companheiros de equipe e lutou contra todos os demônios do Limbo, que foram infectados com o Vírus Transmodo. O Prof. Xavier foi o último pensamento de Illyana e ela foi enviada para o planeta em que ele estava com os Piratas Siderais e, com o Professor, Lilandra e Binário, ela voltou para o Limbo. Depois de derrotar S’ym, eles reuniram todos os seus companheiros de equipe ao longo do tempo e do espaço e retornaram ao planeta em que o Professor estava com os Piratas Siderais e Cifra e Warlock reescreveram o DNA do Magus, efetivamente reduzindo-o à infância. Durante este tempo, o Professor Xavier escaneou seus alunos em busca de assuntos atuais e soube dos Marotos, a perda do Noturno, Colossus e Lince Negra, e o fato de que seus alunos originais eram os caçadores mutantes equipe da X-Factor. Professor X, inicialmente, decidiu retornar, mas, mais tarde, decidiu ficar e continuar a ajudar os Piratas Siderais, a quem ele acreditava que devia sua vida, e usou o Karma para controlar mentalmente Illyana para enviar os Novos Mutantes de volta para casa.
Saga da Ilha Muir
Depois de uma longa estada no espaço com os Starjammers, Xavier finalmente voltou à Terra. Ambas as equipes originais e secundárias dos X-Men se reuniram sob sua liderança, junto com novos recrutas como Gambit e Jubileu. Xavier liderou os X-Men contra o Rei das Sombras, apenas para ter sua coluna quebrada no Plano Astral lutando contra seu filho, deixando-o aleijado e confinado a uma cadeira de rodas mais uma vez.
Xavier aprimorou a tecnologia da X-Mansion com a ajuda do Forge, restabelecendo os X-Men em Westchester. Em algum ponto, ele então encarregou Forge de adicionar uma nova funcionalidade ao Cérebro: a habilidade de armazenar os pensamentos e traços de personalidade de cada mutante. Ao mesmo tempo, um cisma ideológico eclodiu entre Magneto e Xavier. A posição de Magneto foi acionada após a revelação de que Moira havia manipulado seu genoma para minimizar os efeitos de seus poderes magnéticos em seu comportamento. Isso levou a um confronto entre os X-Men de Xavier e o novo grupo de seguidores de Magneto, os Acólitos. Após o confronto, Xavier e Moira perdeu Magneto como um aliado de seu plano.
Canção do X-Cutioner
Enquanto fazia um discurso sobre os direitos dos mutantes, Xavier quase foi assassinado pelo Conflyto, sendo infectado com um Vírus Tecno-Orgânico fatal, mas foi salvo por ninguém menos que Apocalipse. Como efeito colateral temporário, ele aproveitou ao máximo as pernas e dedicou seu precioso tempo ao recruta mais jovem de sua equipe, Jubileu.
Academia Massachusetts
Como os X-Men agora eram adultos altamente treinados, Xavier rebatizou a escola em sua mansão de Instituto Xavier de Ensino Superior. Ele assumiu o controle de uma escola particular, a Academia Massachusetts, e a tornou a nova Escola para Jovens Superdotados, onde mais uma nova classe de jovens mutantes, Geração X, foi ensinado.
Massacre
Em uma batalha com Magneto, Xavier perdeu a paciência com seu velho amigo rasgando o Adamantium do corpo de Wolverine e usou seus poderes mentais para desligar a mente consciente de Magneto, transferindo-a para a sua. No processo, a mente de Xavier foi inadvertidamente infectada pelo mal dentro da psique de Magneto. O resultado foi que os lados sombrios das mentes de Magneto e Xavier se combinaram e se manifestaram fisicamente como a entidade quase invencível chamada Massacre, que usurpou os poderes psiônicos de Xavier. Os maiores super-heróis da América derrotaram por pouco Massacre, que parecia perecer. No entanto, para garantir que Xavier nunca mais gerasse um ser como Massacre, a Dra. Valerie Cooper do governo dos Estados Unidos o levou sob custódia. Embora Xavier estivesse disposto a servir como prisioneiro do governo dos Estados Unidos, ele ficou chocado quando o entregou à custódia de Bastião, chefe do anti-mutante Operação: Tolerância Zero.
